rquery.survival

Table des matières
  1. Description
  2. Utilisation
  3. Arguments
  4. Valeurs
  5. Voir aussi

Description



Fait des courbes de survie de type kaplan-Meier


Utilisation



Code R :
 
rquery.survival(data=NULL, file="", eventName="", timeName="", varName="",
                            legend=TRUE, plotSignificantOnly=FALSE, display=c("survStatistic", "survMedian", "survTable"),
                            color=c('green','red', 'blue','orange','magenta','cyan','yellow','gray'),                          
                           output=c("screen", "html","none"), new.plot=F, time.sleep=0)                        
 
 


Arguments



data : matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

eventName : Nom de la colonne contenant l'ev?nement
timeName : Nom de la colonne contenant le temps
varName : vecteur contenant le(les) nom(s) des variables pour lesquelles on souhaite faire les courbes de survie. Si varName contient une liste de variable, un fichier pdf est g?n?r? contenant l'ensemble des graphiques. VarName peut avoir ?galement des valeurs num?riques correspondant aux num?ros de colonnes des variables d'int?r?t
legend :Affiche la l?gende du graphique si valeur=TRUE
plotSignificantOnly : Si valeur=TRUE, fait le graphique de la courbe de survie si seulement si la statistique est significative (p<0.05)
display : Le r?sultat ? afficher. Par d?faut, la statistique, la m?diane de survie et la table de survie sont montr?es. Si vous souhaitez afficher uniquement la statistique, faites display=c("survStatistic")
color : Couleurs des groupes. Il faut autant de couleurs que de groupes
output : Permet d'afficher les r?sultats soit ? l'?cran ou enregistre un fichier html contenant les donn?es. Il peut prendre les valeur "none" (rien faire) , "screen" (Affichage ? l'?cran) ou "html" (enregistrement d'un fichier html)
new.plot : Utilisation d'une nouvelle fen?tre de dessin si valeur = TRUE.
time.sleep: Met R en pause pendant un certain temps correspondant ? la valeur que vous aurez donn?e ? 'time.sleep' en seconde.
Ne modifiez pas la valeur de time.sleep

Valeurs



Retourne une liste:

fit : r?sultat de la fonction survfit. Contient la m?diane de survie
dif : r?sultat de la fonction survdiff. Contient la statistique (log-rank, p.value)
ngrp: Nombre de groupes
chisq: log-rank
pValue: P value correspondant au log-rank
HR: Hazard ratio
prognostic : valeur prognostic


Voir aussi



Courbe de survie avec RQuery

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