Courbe de survie avec RQuery
Table des matières
Format du fichier
Le fichier accept? est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.
T?l?charger un exemple de fichier en cliquant ici
Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "ev?nement" appel?e ici OS (pour overall survival), une colonne "temps" appel?e ici "Days" et 4 autres variables qualitatives(gene1, gene2, gene3, gene4).
Pour en savoir plus sur le format de fichier accept? suivre le lien suivant : Importation et exportation des donn?es avec RQuery-1.0
Utilisation de la fonction rquery.survival
Courbe de survie de la variable gene4 : gene4 r?partie les ?chantillons en 3 groupes (A, B, C)
Code R :
rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName="gene4")
La fonction prend comme param?tre:
- Le nom de la colonne contenant l’?v?nement (eventName="OS")
- Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="Days")
- Le nom de la colonne contenant la variable d'int?r?t (varName="gene4")
R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les donn?es. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de t?l?charger.
Ci-dessous le graphique g?n?r?:
cliquez pour agrandir
La fonction cr?e un dossier Result/survival contenant les fichiers g?n?r?s. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les r?sultats de l'analyse de survie pour chacune des variables interrog?es.
Enregistrer les donn?es dans un fichier HTML
Utilisation de l'option output="html".
Par d?faut la table de survie et la statistique sont affich?es ? l'?cran. Avec l'option html tout est enregistr? dans un fichier .html lequel sera ouvert automatiquement ? la fin de l'ex?cution de la fonction
Code R :
res<-rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName="gene4", output="html)
Cliquez ici pour voir un exemple de fichier html g?n?r?.
Courbe de survie pour une liste de variable
Il suffit d'indiquer la liste dans le param?tre varName.
Code R :
res<-rquery.survival(eventName="OS", timeName="Days", varName=c( "gene1", "gene2","gene4"))
Dans ce cas un fichier pdf est g?n?r? contenant l'ensemble des graphique.
Cliquez ici pour voir un exemple de fichier pdf g?n?r?.
Utilisateur avanc?
rquery.survival
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