rquery.pca

Table des matières
  1. Description
  2. Utilisation
  3. Arguments
  4. D?tails
  5. Valeurs
  6. Exemple d'utilisation
    1. Voir aussi

Description



Fait une PCA


Utilisation



Code R :
 
rquery.pca(data=NULL, file="", res.pca=NULL, load.rdata=FALSE, ncp=5, axes=c(1,2), 
                      ind.sup=NULL, quanti.sup=NULL, quali.sup=NULL,  
                      col.ind = "black", col.ind.sup = "blue", col.quali = "magenta", col.quanti.sup = "blue", col.var = "black",
                      invisible=NULL, label="all", xlim = NULL, ylim = NULL,
                       habillage="none",choix="all", ellipse=FALSE,typeEllipse="Facto",
                       graph=T, save.pdf=F ,graph.quality=c("normal", "high"),
                      time.sleep=0
                    )
 


Arguments



data : data.frame; Les lignes correspondent aux individus et les colonnes aux variables.
file : fichier contenant les donn?es pour faire la PCA.
res.pca: R?sultat d'une PCA ant?rieure.

Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file ou soit res.pca. Si aucun des 3 n'est indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.

ind.sup : vecteur contenant la position des individus suppl?mentaires dans le fichier
quanti.sup : vecteur contenant la position des variables quantitatives suppl?mentaires dans le fichier
quali.sup : vecteur contenant la position des variables qualiitatives suppl?mentaires dans le fichier

col.ind : couleur des individus
col.ind.sup : couleur des individus suppl?mentaires
col.quali : couleur des variables qualitatives suppl?mentaires
col.quanti.sup : couleur des variables quantitatives suppl?mentaires.
col.var : couleur des variables

invisible : Texte indiquant les ?l?ments ? cacher sur le graphique. Il peut prendre les valeurs suivantes c("ind", "ind.sup", "quali", "var", "quanti.sup").
label : Texte indiquant les ?l?ments ? ?tiqueter sur le graphique. Par d?faut tous les ?l?ments sont ?tiquet?s sur le graphique ("ind", ind.sup", "quali", "var", "quanti.sup")
habillage: coloration avec une variable qualitative suppl?mentaire. Indiquer la position de la variable qualitative dans le fichier
choix : le graphique ? faire. "ind" pour le plan des individus, "var" pour le plan des variables, "biplot" pour le biplot des individus et des variables, "3d" pour le graphique 3d, "txt" pour afficher les fichiers r?sultats .txt et "all" pour tout.
ellipse: si TRUE, dessine des ellipses en fonction d'une variable qualitative.
typeEllipse : "Facto" ou "ade4"
graph: Affiche les graphiques si valeurs = TRUE
save.pdf: Les graphiques seront enregistr?s dans un seul fichier pdf si la valeur = TRUE
show.txt: Montre le r?sultat txt si valeur =TRUE

time.sleep: Met R en pause pendant un certain temps correspondant ? la valeur que vous aurez donn?e ? 'time.sleep' en seconde.
Ne modifiez pas la valeur de time.sleep



D?tails



Vous avez juste ? renseigner soit le param?tre data soit le param?tre file.
Si vous n'indiquez ni l'un ni l'autre, R vous demandera le chemin d'un fichier contenant les donn?es au cour de l'ex?cution de la fonction.

Valeurs



Renvoie une liste contenant le r?sultat de la PCA et cr?e un fichier contenant ces valeurs

eig: correspondant aux valeurs propres, le % de variance et le % de variance cumul?e
var: Contient les r?sultats pour les variables actives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes, COS2, contributions);
ind : Contient les r?sultats pour les individus actifs (coordonn?es COS2, contributions);
ind.sup : Contient les r?sultats pour les individus suppl?mentaires (coordonn?es COS2);
quanti.sup : R?sultats pour les variables suppl?mentaires quantitatives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes).
quali.sup : R?sultats pour les variables qualitatives suppl?mentaires (coordonn?es, des cat?gories de chacun des variables ).


Exemple d'utilisation



Code R :
 
res.pca<-rquery.pca() #fait une PCA et affiche les graphiques
res.pca<-rquery.pca(save.pdf=T) #fait une PCA et enregistre les graphiques dans un fichier pdf
 


Voir aussi



Analyse en composante principale avec R et RQuery

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