Pr?parer des donn?es

Nous allons utiliser un ?chantillon du jeu de donn?es mtcars. La fonction sample() peut ?tre utilis?e pour extraire 10 lignes:

# Subset 15 rows
set.seed(1234)
ss <- sample(1:32, 10)
df <- mtcars[ss, ]

Ajouter du texte avec les fonctions geom_text et geom_label

library(ggplot2)
# Simple nuage de points
sp <- ggplot(df, aes(wt, mpg, label = rownames(df)))+
  geom_point()
# Ajouter du texte
sp + geom_text()
# Changer la taille du texte
sp + geom_text(size=6)
# Changer l'ajustement vertical et horizontal
sp +  geom_text(hjust=0, vjust=0)
# Changer la police. Valeurs possibles : 1(normal),
# 2(bold), 3(italic), 4(bold.italic)
sp + geom_text(aes(fontface=2))

• Changer la police

sp + geom_text(family = "Times New Roman")

• geom_label() fonctionne come geom_text() mais dessine un rectangle autour de chaque ?tiquette. Cela est utile lorsque les donn?es sont denses sur le graphique.

sp + geom_label()

Changer la couleur et la taille du text par groupe

Il est possible de changer l?apparence du texte en utilisant les ?aesthetics? (color, size,?) :

sp2 <- ggplot(mtcars, aes(x=wt, y=mpg, label=rownames(mtcars)))+
  geom_point()
# Colorer en fonction du groupe
sp2 + geom_text(aes(color=factor(cyl)))

# Changer la taille du texte en utilisant une variable continue
sp2 + geom_text(aes(size=wt))

sp2 + geom_text(aes(size=wt)) + scale_size(range=c(3,6))

Ajouter du texte ? un point particulier

Les fonctions geom_text() et annotate() peuvent ?tre utilis?es :

# Solution 1
sp2 + geom_text(x=3, y=30, label="Scatter plot")
# Solution 2
sp2 + annotate(geom="text", x=3, y=30, label="Scatter plot",
              color="red")

annotation_custom : Ajouter une annotation statique en haut-droite, haut-gauche, ?

Les fonctions annotation_custom() et textGrob() sont utilis?es pour ajouter des annotations statiques qui sont au m?me endroit dans tous les panels. Le package grid est n?cessaire :

library(grid)
# Cr?er un ?lement textuel
grob <- grobTree(textGrob("Scatter plot", x=0.1,  y=0.95, hjust=0,
  gp=gpar(col="red", fontsize=13, fontface="italic")))
# Ajouter au graphique
sp2 + annotation_custom(grob)

Facet : Dans le graphique ci-dessous, l?annotation est ? la m?me place (dans chaque panel) m?me si les ?chelles des axes varient.

sp2 + annotation_custom(grob)+facet_wrap(~cyl, scales="free")

ggrepel: Reduction du chevauchement des textes

Il y a deux fonctions importantes dans le package R ggrepel:

• geom_label_repel()
• geom_text_repel()

# Prendre 15 lignes
set.seed(1234)
ss <- sample(1:32, 15)
df <- mtcars[ss, ]

p <- ggplot(df, aes(wt, mpg)) +
  geom_point(color = 'red') +
  theme_classic(base_size = 10)

# Ajouter du texte avec ggplot2::geom_text
p + geom_text(aes(label = rownames(df)),
              size = 3.5)

# Utiliser ggrepel::geom_text_repel
require("ggrepel")
set.seed(42)
p + geom_text_repel(aes(label = rownames(df)),
                    size = 3.5) 

# Utiliser ggrepel::geom_label_repel and 
# Changer la couleur par groupes
set.seed(42)
p + geom_label_repel(aes(label = rownames(df),
                    fill = factor(cyl)), color = 'white',
                    size = 3.5) +
   theme(legend.position = "bottom")

genes <- read.table("https://gist.githubusercontent.com/stephenturner/806e31fce55a8b7175af/raw/1a507c4c3f9f1baaa3a69187223ff3d3050628d4/results.txt", header = TRUE)
genes$Significant <- ifelse(genes$padj < 0.05, "FDR < 0.05", "Not Sig")
ggplot(genes, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(pvalue))) +
  geom_point(aes(color = Significant)) +
  scale_color_manual(values = c("red", "grey")) +
  theme_bw(base_size = 12) + theme(legend.position = "bottom") +
  geom_text_repel(
    data = subset(genes, padj < 0.05),
    aes(label = Gene),
    size = 5,
    box.padding = unit(0.35, "lines"),
    point.padding = unit(0.3, "lines")
  )

Infos

Cette analyse a ?t? r?alis?e avec le logiciel R (ver. 3.2.4) et le package ggplot2 (ver. 2.1.0)