Analyse en composante principale avec R

Table des matières
  1. Pr?requis
  2. Package R et jeu de donn?es utilis?es
  3. Fichier contenant le jeu de donn?es pour l'ACP
  4. Importation des donn?es dans R
  5. Analyse en composante principale avec FactoMineR
    1. Code R
    2. Graphique des individus
    3. Graphique des variables
  6. Les ?l?ments cl?s du r?sultat d'une ACP
  7. Enregistrement des r?sultat de l'ACP dans un fichier
  8. Voir aussi

Pr?requis



Avant de continuer, je vous invite ? lire les deux cours suivants si vous n'?tes pas tr?s familiaris?s avec l' ACP.

1- Introduction ? l'analyse en composante principale

2- Analyse en composante principale cours





Fichier contenant le jeu de donn?es pour l'ACP




T?l?chargez le fichier contenant une table de donn?es en cliquant ici. (Faire un clique-droit -> puis enregistrer la cible du lien sous)

Enregistrez le fichier au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes et les individus en ligne.


Importation des donn?es dans R



La commande R ? utiliser :

Code R :
 
#importation des donn?es
#R vous demandera le chemin du fichier automatiquement
data<-read.table(file=file.choose(), sep="\t", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)
 




Analyse en composante principale avec FactoMineR




Code R



Code R :
# PCA
library(FactoMineR)
pca<-PCA(data)
 


La commande dessine automatiquement le plan factoriel des individus et des variables.

Le r?sultat de la commande est une liste et inclut les ?l?ments suivants:

   name               description                          
1  "$eig"             "eigenvalues"                        
2  "$var"             "results for the variables"          
3  "$var$coord"       "coord. for the variables"           
4  "$var$cor"         "correlations variables - dimensions"
5  "$var$cos2"        "cos2 for the variables"             
6  "$var$contrib"     "contributions of the variables"     
7  "$ind"             "results for the individuals"        
8  "$ind$coord"       "coord. for the individuals"         
9  "$ind$cos2"        "cos2 for the individuals"           
10 "$ind$contrib"     "contributions of the individuals"   
11 "$call"            "summary statistics"                 
12 "$call$centre"     "mean of the variables"              
13 "$call$ecart.type" "standard error of the variables"    
14 "$call$row.w"      "weights for the individuals"        
15 "$call$col.w"      "weights for the variables"



Graphique des individus




cliquez pour agrandir


Graphique des variables




cliquez pour agrandir


Les ?l?ments cl?s du r?sultat d'une ACP



Code R :
 
pca$eig # Affiche les valeurs propres/contributions des axes factoriels
 
pca$var$coord  # Affiche les coordonn?es des variables
 
pca$var$cor #Affiche les corr?lations variables - axes factoriels
 
pca$var$cos2 #qualit? de projection des variables
 
pca$var$contrib # contribution des variables aux axes factoriels
 
pca$ind$coord # coordonn?es des individus dans le plan factoriel
 
pca$ind$cos2 # Qualit? de repr?sentation des individus
 
pca$ind$contrib # Contribution des individus aux axes factoriels
 




Enregistrement des r?sultat de l'ACP dans un fichier



Code R :
write.infile(pca, file="pca_result.txt", sep="\t")


T?l?charger le fichier g?n?r? en cliquant sur le lien suivant: pca_result3614.txt



Le fichier contient:
eig: correspondant aux valeurs propres, le % de variance et le % de variance cumul?e
var: Contient les r?sultats pour les variables actives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes, COS2, contributions);
ind : Contient les r?sultats pour les individus actifs (coordonn?es COS2, contributions);
ind.sup : Contient les r?sultats pour les individus suppl?mentaires (coordonn?es COS2);
quanti.sup : R?sultats pour les variables suppl?mentaires quantitatives (coordonn?es, corr?lation entre les variables et les axes).
quali.sup : R?sultats pour les variables qualitatives suppl?mentaires (coordonn?es, des cat?gories de chacun des variables ).


Voir aussi



Analyse en composante principale avec R et RQuery en partant de z?ro connaissance

Enjoyed this article? I’d be very grateful if you’d help it spread by emailing it to a friend, or sharing it on Twitter, Facebook or Linked In.

Show me some love with the like buttons below... Thank you and please don't forget to share and comment below!!
Avez vous aimé cet article? Je vous serais très reconnaissant si vous aidiez à sa diffusion en l'envoyant par courriel à un ami ou en le partageant sur Twitter, Facebook ou Linked In.

Montrez-moi un peu d'amour avec les like ci-dessous ... Merci et n'oubliez pas, s'il vous plaît, de partager et de commenter ci-dessous!





Cette page a été vue 19034 fois
Licence - Pas d?Utilisation Commerciale - Partage dans les M?mes Conditions
Licence Creative Commons