Cette fonction permet de faire des courbes de survie pour des variables continues.
Soit X, la variable continue pour laquelle on souhaite faire une courbe de survie.
Les ?chantillons sont tri?s dans l'ordre croissant selon X.
Le cut-off permettant de r?partir, au mieux, les ?chantillons selon la survie est d?termin?. Toutes les possibilit?s sont test?es. Chaque valeur de X est test? comme cut-off et un log-rank est calcul? ? chaque fois. Le cut-off choisit ? la fin correspond ? celui qui donne la plus faible valeur de p value (i.e le cut-off le plus significatif).
Apr?s le choix du cut-off, la variable X est alors dichotomis?e selon la formule suivante:
Toutes les valeurs de X inf?rieures ou ?gales au cut-off auront la valeur 0. Dans le cas contraire, elles auront la valeur 1.
La courbe de survie est ensuite r?alis?e sur les valeurs dichotomis?es.
Code R :
rquery.maxstat(data=NULL, file="", eventName="", timeName="", varName="",
legend=TRUE, color=c("065101139","red"),
minprop=0.01, maxprop=0.99, new.plot=FALSE, time.sleep=0)
: matrice; les variables sont en colonne.
file : fichier contenant les donn?es.
Il faudrait indiquer ? la fonction soit data, soit file. Si data n'est pas indiqu?, alors la fonction demandera automatiquement d'indiquer le chemin d'un fichier txt tabulation contenant les donn?es.
eventName : Nom de la colonne contenant l'ev?nement
timeName : Nom de la colonne contenant le temps
varName : vecteur contenant le(les) nom(s) des variables pour lesquelles on souhaite faire les courbes de survie. Si varName contient une liste de variable, un fichier pdf est g?n?r? contenant l'ensemble des graphiques. VarName peut avoir ?galement des valeurs num?riques correspondant aux num?ros de colonnes des variables d'int?r?t
legend :Affiche la l?gende du graphique si valeur=TRUE
color : Couleurs des groupes. Il faut minimum 2 couleurs.
new.plot : Utilisation d'une nouvelle fen?tre de dessin si valeur = TRUE.
time.sleep: Met R en pause pendant un certain temps correspondant ? la valeur que vous aurez donn?e ? 'time.sleep' en seconde.
Ne modifiez pas la valeur de time.sleep
Retourne une liste:
maxstat : r?sultat de la fonction maxstat de R
cutPointValue: valeur du cut-off optimal
var: les valeurs de la variable
groups: les valeurs dichotomis?es de la variable
wald:statistiques wald du mod?le de cox r?alis? sur la variable dichotomis?e
beta : log du hazard ratio
HR: Hazard ratio
tailleGroup0: Nombre d'?chantillons dans le groupe 0
tailleGroup1: Nombre d'?chantillons dans le groupe 1
[b]survfit/b] : r?sultat de la fonction survfit de R
Maxstat et courbe de survie pour une variable continue avec RQuery