Modéle de régression Cox avec RQuery
Table des matières
Elle permet de faitre un cox univari? ou multivari?.
Dans le cas d'un cox univari? la valeur pronostique et le hazard ratio de la variable d'int?r?t sont d?termin?s.
Le cox multivari? permet de d?terminer si, par exemple, 2 variables sont d?pendantes (ou pas ) pour expliquer la survie des ?chantillons.
Format du fichier
Le fichier accept? est au format .txt tabulation. Les variables sont en colonnes.
T?l?charger un exemple de fichier en cliquant ici
Enregistrer le fichier au format .txt tabulation.Les variables sont en colonne. Le fichier contient une colonne "ev?nement" appel?e ici event , une colonne "temps" appel?e ici "time" et 2 autres variables continues (gene1, gene2).
Pour en savoir plus sur le format de fichier accept? suivre le lien suivant : Importation et exportation des donn?es avec RQuery-1.0
Utilisation de la fonction rquery.coxph
Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName="gene1", type="univariate")
La fonction prend comme param?tre:
- Le nom de la colonne contenant l’?v?nement (eventName="event")
- Le nom de la colonne contenant le temps (timeName="time")
- Le nom de la colonne contenant la variable d'int?r?t (varName="gene1")
R vous demandera d'indiquer le fichier contenant les donn?es. Indiquer le chemin du fichier que vous venez de t?l?charger.
Un fichier .txt tabulation, contenant les donn?es ci-dessous, est g?n?r? et automatiquement ouvert ? la fin de l'ex?cution de la fonction
| Name | Beta | Univariate.HR (exp(beta)) | wald test | Univariate.P |
|---|---|---|---|---|
| gene1 | 0.84 | 2.3 | 15 | 0.00013 |
La fonction cr?e un dossier Result/Coxph contenant les fichiers g?n?r?s. Ce dossier inclue entre autres un fichier txt contenant les r?sultats de l'analyse coxph pour chacune des variables interrog?es.
Faire un Cox univari? pour une liste de variables
Il suffit d'indiquer la liste dans le param?tre varName de la mani?re suivante : varName=c("gene1", "gene2")
Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName=c("gene1", "gene2"), type="univariate")
Le r?sultat pour l'ensemble des variables est enregistr? dans le m?me fichier .txt.
La p value et le hazard ratio du cox univari? sont montr?s.
Cliquez ici pour voir un exemple de fichier txt g?n?r?.
Cox multivari?
Dans le code ci-dessous type="multivariate"
Code R :
rquery.coxph(eventName="event", timeName="time", varName=c("gene1", "gene2"), type="multivariate")
Dans le fichier txt g?n?r? le hazard ratio et la p value du test multivari? sont montr?s pour chacune des variables
Cliquez ici pour voir un exemple de fichier txt g?n?r?.
Utilisateur avanc?
rquery.coxph
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