Matrix de corrélation: Comment faire un heatmap?
L?objectif de ce document est de vous montrer comment visualiser une matrice de corr?lation en utilisant la fonction heatmap de R. Ce type de graphique peut aider ? identifier rapidement les variables les plus corr?l?es. Vous pouvez lire plus sur les matrices de corr?lation en cliquant ici.
Donn?es
La table de donn?es mtcars est utilis?e dans les exemples suivants :
mydata <- mtcars[, c(1,3,4,5,6,7)]
head(mydata) mpg disp hp drat wt qsec
Mazda RX4 21.0 160 110 3.90 2.620 16.46
Mazda RX4 Wag 21.0 160 110 3.90 2.875 17.02
Datsun 710 22.8 108 93 3.85 2.320 18.61
Hornet 4 Drive 21.4 258 110 3.08 3.215 19.44
Hornet Sportabout 18.7 360 175 3.15 3.440 17.02
Valiant 18.1 225 105 2.76 3.460 20.22Calcul de la matrice de corr?lation
La matrice de corr?lation est calcul?e comme suit:
cormat<-signif(cor(mydata),2)
cormat mpg disp hp drat wt qsec
mpg 1.00 -0.85 -0.78 0.680 -0.87 0.420
disp -0.85 1.00 0.79 -0.710 0.89 -0.430
hp -0.78 0.79 1.00 -0.450 0.66 -0.710
drat 0.68 -0.71 -0.45 1.000 -0.71 0.091
wt -0.87 0.89 0.66 -0.710 1.00 -0.170
qsec 0.42 -0.43 -0.71 0.091 -0.17 1.000Dessiner un heatmap
# generer des couleurs
col<- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20)
heatmap(cormat, col=col, symm=TRUE)
Les corr?lations n?gatives sont en bleue et les corr?lations positives en rouge.
Infos
Cette analyse a ?t? faite avec R (ver. 3.1.0).
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