News

Construire un r?seau d'interactions entre un groupe de g?nes peut aider beaucoup dans la compr?hension des relations entre les ?l?ments de votre liste de g?nes. Il peut sembler difficile ? premier abord de construire un tel r?seau, mais il est moins compliqu? qu'il n'y para?t. Voici une approche que j'utilise.

Les ressources pour obtenir des informations d'interactions prot?ine-prot?ine (PPI, pour proteine-proteine interaction) sont nombreuses. Malheureusement, il n'existe pas une base de donn?es centrale pour ces interactions. Ils existent plusieurs bases de donn?es telles que : IntAct, BioGRID, HPRD, STRING,...

Pour utiliser les API (Application Programming Interface ou Interface de Programmation) d?velopp?es pour interroger ces bases de donn?es, il faudrait du temps. Heureusement, la page web NCBI Entrez gene compile les interactions de BioGRID et HPRD. Ceci est un compromis raisonnable et robuste. D'autres parts, nous pouvons utiliser le package XML de R pour analyser la page Web.


Lire la suite ici

L'utilisation du package formatR permet de supprimer les espaces et les lignes en trop ainsi que les commentaires contenues dans votre code

RQuery est un fichier contenant un ensemble de fonctions R, permettant de faire de mani?re simple des analyses statistiques vari?es.

Il est multiplateforme et sera bient?t disponible pour t?l?chargement.

Vous aurez ?galement la possibilit? d’ex?cuter les fonctions sur un serveur distant sur lequel les logiciels sont d?j? pr?install?s.

Il sera ?galement accompagn? d'une interface graphique installable pour ceux qui ont peur des lignes de commandes.

Pour d?couvrir d?j? certaines des diverses analyses r?alis?es par RQuery, cliquez sur le lien ci-dessous

Analyses r?alis?es par RQuery

Le logiciel d'Analyse en composante principale d?velopp? par l'?quipe STHDA es disponible pour t?l?chargement.

Le site STHDA a chang? d'interface accompagn? par la mise en place d'un forum et d'un syst?me Wiki entre autres. Vous avez la possibilit? de poster vos questions sur le forum et d'?crire des pages - concernant les statistiques et des logiciels d'analyse de donn?es ou toutes autres informations ?ducatives/culturelles - dans la partie wiki.